Sejarah berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama (STAINU) Malang tidak dapat dipisahkan dari diselenggarakannya kelas jauh Sekolah Tinggi Tarbiyah (STIT) Raden Rahmat, Kepanjen, Malang pada tahun 2003 yang saat itu membuka kelas perkuliahan di Pesantren PPAI Annahdliyah Kepuharjo Karangploso Malang dibawah Asuhan Al-Maghfurllah KH. Moh Masjur, SH.
Sebagai upaya mewujudkan kemandirian dan menjawab tantangan global serta menyiapkan tenaga yang expert dalam bidang Ekonomi Syariah, menciptakan tenaga ahli di bidang Manajemen Pendidikan Islam, maka Yayasan Pesantren PPAI Annahdliyah Kepuharjo Karangploso ditahun 2010 mulai mendirikan Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama (STAINU) yang terletak di tempat yang sama.
Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama Malang (STAINU Malang) merupakan Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Swasta (PTKIS) binaan Nahdlatul Ulama yang didirikan pada tahun 2010 dengan membuka dua jurusan, yakni Ekonomi Syari’ah (Fakultas Syari’ah) dan Manajemen Pendidikan Islam (Fakultas Tarbiyah).